故事以20世纪70年代日本静冈清水市为背景，这里生活着快乐而幸福的樱一家。樱桃子（小丸子）是家中最小的女儿，她贪玩懒惰，还迷迷糊糊，经常惹得妈妈和姐姐大发雷霆。不过身边有个没正形儿的父亲和溺爱她的爷爷，倒让小丸子的生活不致于太无聊。尤其是爷爷，祖孙俩在一起可没少闹笑话。
独居于海边小镇的女高中生比名子，因为小时候家人遭遇事故丧命，自己也有了寻死的念头。一天、一位名叫汐莉的吃人人鱼出现在她面前……。2人的相遇究竟是会带来「破灭」还是「救赎」呢……。
邻座的女孩忘记戴眼镜了。
一位吸血鬼贵族卡迪斯·艾特拉马·迪·莱杰罗在沉睡了八百年后，被一个叫UNION的组织用某种手段，让他苏醒了过来。
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
