柏飞（陈山聪饰）、姜曦文（刘佩玥饰）、刘力（林子善饰）投身警队后师从罗友邦，四师徒感情深厚。三年前的追捕行动，友邦殉职、刘力重伤，曦文归咎于柏飞急功近利引致悲剧，友情破裂。一宗连环谋杀案再将柏飞、曦文联系起來，卧底温嘉莉（刘颖镟饰）奉命混入犯罪集团，却重遇前男友招俊朗（张振朗饰），关系纠缠不清。柏飞、曦文接二连三收到神秘讯息提示，上级遂将两组探员合并成神秘讯息情报科，侦查多宗扑朔迷离的命案。由手机助理发出的提示为何每每能引领团队超前破案，「她」是敌是友？
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
反黑组高级督察国锋（郭晋安 饰）为人正义、铁面无私，本来有一个其乐融融的家庭。不料却因整日忙于工作疏于照顾家庭而导致妻子阿玲和从美国回来的前男友阿John复合，离婚时国锋誓要取得儿子谦仔的抚养权。无奈下阿玲只得告知国锋真相，谦仔原来是她和前男友的儿子，于此同时谦仔得十分古怪的血液病，国锋无奈之下只好答应让谦仔跟阿John和阿玲移民美国去治病。国锋多年前曾亲手将自己的好友阿庭逮捕归案，阿庭别无所求，只求阿峰在他坐牢期间帮忙照顾他的女友阿兰（刘雅丽 饰）。阿兰经营着一间酒吧，由此经常有些麻烦，国锋次次都出面帮她解决。新调来的美女同事雅丽（袁洁莹 饰）误认为国锋因为阿兰才抛妻弃子，故对他一直看不顺眼。国锋的好友兼同事家荣（张家辉 饰）喜欢上了雅丽，三人在合作过程不时擦出火花。他们能否顺利处理好工作上、感情上的矛盾？
庄天（元华 饰）和董兆匡（张国强 饰）曾经是行业内最最有名的一堆捉妖天师，然而清末民初的一场社会大变革让捉妖师变成了宣扬封建迷信的神棍，无奈之下，两人只得前往广州，在那里寻得了一份警察的差事。虽然不再是捉妖师了，但董兆匡却依然忘记不了昔日的辉煌，他结识了商人阿堂（任世官 饰），阿堂表面上是经营正当生意的商人，实际上却干着贩毒的勾当，董兆匡听信了他的花言巧语，开始利用僵尸来帮助他运毒。董兆匡的徒弟晓东（陈晓东 饰）爱上了阿堂的女儿翠玲（谭小环 饰），然而董兆匡早已经开始打起了翠玲的主意。
海关督察浩辉（王喜 饰）负责驻守机场，他在一次行动中成功破获了一起利用人体带毒的大案，深受赞赏。与此同时，海关调查局的另外一组同事在缉拿私烟集团的行动中失手，领队的李督察更是受伤入院。于是上级将表现出色的浩辉调过来担任这组的领队。浩辉刚一上任，沙展叶天华（欧阳震华 饰）就对他的办案手法十分不满，但浩辉并没有受他影响，依然我行我素。这日，海关接到线报上次私烟集团的头目江世仁准备离境潜逃，于是浩辉带领一班部下赶往缉拿。浩辉利用自己的机智成功制服江世仁，天华乘机将他打了一顿。原来，天华的女友死跟他调查私烟集团有关，他曾发誓一定要将私烟集团彻底铲除。江世仁最终被判刑，浩辉在出庭作供时对美丽能干的检察官尚怡（谭小环 饰）产生了好感，对她大加赞赏。浩辉原以为此案终于告一段落，然而天华继续执着于调查幕后主脑以及同事们的劝说，浩辉终于又继续着手调查。一班缉私精英最后能否将幕后黑手绳之于法？
TVB开拍12集单元剧《十二传说》，此剧是为翡翠台周日周播剧档期而专门拍摄的第一部新剧，每集两小时，以狐仙、新娘潭、七姐妹等香港著名的都市传说为蓝本，由萧正楠、张颕康、林夏薇、刘佩玥领衔主演，四人在剧中合力破解悬疑奇案。
