这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
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奥斯卡（田岛令子 配音）是名门之后，由于家中没有男丁，于是从小就被当做男孩养大。十四岁那年，奥地利和法国进行政治联姻，奥地利公主玛丽（上田美由纪 配音）即将嫁给法国王子路易（安原义人 配音），父亲将奥斯卡送入了宫殿侍卫队，赋予了她保护玛丽的重任，只为了家族能够在腥风血雨的宫廷斗争之中拥有自己的一席之地。之后，奥斯卡和玛丽结识了年轻的菲尔逊，两人同时爱上了这位风度翩翩的贵族，然而，菲尔逊选择了玛丽，他对玛丽的爱如此真挚和深沉，奥斯卡将这一切看在眼中，痛苦万分。皇帝去世，路易登基，玛丽因此成为了皇后，而她和菲尔逊之间的韵事已经逐渐无法再隐瞒下去。
